治承四年(1180)以仁（もちひと）王の令旨（りょうじ）＝皇太子や三后の命を伝えるために出す文書＝をうけて挙兵し、初戦の石橋山合戦で敗れたが、海路安房に渡って再挙をはかり、鎌倉を根拠地として武家政治の基礎を固めた。

鎌倉に入っては源家の氏神鶴岡八幡宮を祀り、府内の道路整備、村里に号を授けるなど、鎌倉の街づくりに努める一方、寿永二年(1183)木曾義仲の滅亡、文治元年(1185)壇ノ浦での平氏滅亡、同五年の奥州征伐、あるいは家人統制機関の公文所・問注所の設置、治安維持のための守護地頭をおき、鎮西奉行をおくなどして、全国統治の礎をつくった。

建久元年(1190)上洛して九条兼実（かねざね）と政務を協議し、朝廷をおさえるための布石を施し、同三年には征夷大将軍に任じている。同六年には再び上京して東大寺再建供養にのぞみ、その威容を京畿に示した。墓は粗末な層塔で、頼朝の法華堂跡と称する所にある。

鎌倉で頼朝が建立した寺院は、勝長寿院・永福寺であったが、今は廃絶した。